{
    "path": "$OET_PATH/testcases/function_test/pkg_test/cufflinks/cufflinks",
    "machine num": 1,
    "cases": [
        {
            "name": "test_cufflinks_compress_gtf_r",
            "desc": "测试使用 -r 参数指定参考 fasta 文件"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_compress_gtf_upper_f",
            "desc": "测试使用 -F 参数使用 FPKM 替代 isoform fraction"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_compress_gtf_upper_u",
            "desc": "测试使用 -U 参数报告 projective union"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_compress_gtf_upper_i",
            "desc": "测试使用 -I 参数报告 projective intersection"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffcompare_r",
            "desc": "使用 -r 参数指定参考 mRNA 文件"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffcompare_upper_r",
            "desc": "使用 -R 参数仅考虑与输入转录本重叠的参考转录本"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffcompare_upper_q",
            "desc": "使用 -Q 参数仅考虑与参考转录本重叠的输入转录本"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffcompare_upper_m",
            "desc": "使用 -M 参数忽略单外显子转录本和参考转录本"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffcompare_upper_n",
            "desc": "使用 -N 参数忽略单外显子参考转录本"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffcompare_s",
            "desc": "使用 -s 参数指定基因组序列路径"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffcompare_e",
            "desc": "使用 -e 参数设置参考转录本外显子末端最大距离"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffcompare_d",
            "desc": "使用 -d 参数设置转录起始位点分组最大距离"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffcompare_p",
            "desc": "使用 -p 参数设置共识转录本前缀名"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffcompare_upper_c",
            "desc": "使用 -C 参数在合并 GTF 文件中包含被包含的转录本"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffcompare_upper_f",
            "desc": "使用 -F 参数不丢弃共享 5\"端的冗余内含子转录本"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffcompare_upper_g",
            "desc": "使用 -G 参数处理通用 GFF 输入文件"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffcompare_upper_t",
            "desc": "使用 -T 参数不为每个输入文件生成 .tmap 和 .refmap 文件"
        },
        {
            "name": "test_cuf_upper_vflinks_cuf_upper_vfcomp_upper_vare_upper_v",
            "desc": "使用 -V 参数启用详细处理模式"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffdiff_o",
            "desc": "测试输出目录选项"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffdiff_upper_l",
            "desc": "测试条件标签选项"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffdiff_FDR",
            "desc": "测试错误发现率选项"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffdiff_upper_m",
            "desc": "测试掩码文件选项"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffdiff_upper_c",
            "desc": "测试对比文件选项"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffdiff_b",
            "desc": "测试片段偏差校正选项"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffdiff_u",
            "desc": "测试多读校正选项"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffdiff_p",
            "desc": "测试线程数选项"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffdiff_no_diff",
            "desc": "测试不生成差异分析文件选项"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffdiff_no_js_tests",
            "desc": "测试不进行异构体转换测试选项"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cufflinks_o",
            "desc": "测试使用 -o 参数指定输出目录"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cufflinks_p",
            "desc": "测试使用 -p 参数指定线程数"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cufflinks_upper_g",
            "desc": "测试使用 -G 参数指定参考转录本注释"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cufflinks_g",
            "desc": "测试使用 -g 参数引导组装"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cufflinks_upper_m",
            "desc": "测试使用 -M 参数忽略指定文件中的转录本对齐"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cufflinks_b",
            "desc": "测试使用 -b 参数进行偏差校正"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cufflinks_u",
            "desc": "测试使用 -u 参数进行多读校正"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cufflinks_m",
            "desc": "测试使用 -m 参数指定平均片段长度"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cufflinks_s",
            "desc": "测试使用 -s 参数指定片段长度标准差"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffmerge_o",
            "desc": "测试使用 -o 参数指定输出目录"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffmerge_g",
            "desc": "测试使用 -g 参数提供参考 GTF 文件"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffmerge_s",
            "desc": "测试使用 -s 参数提供参考序列文件"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffmerge_min_isoform_fraction",
            "desc": "测试使用 --min-isoform-fraction 参数设置最小异构体分数"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffmerge_p",
            "desc": "测试使用 -p 参数设置线程数"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffmerge_keep_tmp",
            "desc": "测试使用 --keep-tmp 参数保留中间文件"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffnorm_o",
            "desc": "测试使用 -o/--output-dir 参数指定输出目录"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffnorm_upper_l",
            "desc": "测试使用 -L/--labels 参数指定条件标签"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffnorm_p",
            "desc": "测试使用 -p/--num-threads 参数指定线程数"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffnorm_v",
            "desc": "测试使用 -v/--verbose 参数启用详细日志"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffnorm_q",
            "desc": "测试使用 -q/--quiet 参数启用安静模式"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffnorm_library_type",
            "desc": "测试使用 --library-type 参数指定文库类型"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffnorm_library_norm_method",
            "desc": "测试使用 --library-norm-method 参数指定文库归一化方法"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffnorm_output_format",
            "desc": "测试使用 --output-format 参数指定输出格式"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffnorm_compatible_hits_norm",
            "desc": "测试使用 --compatible-hits-norm 参数仅计数兼容的命中"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffnorm_total_hits_norm",
            "desc": "测试使用 --total-hits-norm 参数计数所有命中用于归一化"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffquant_o",
            "desc": "测试使用 -o/--output-dir 参数指定输出目录"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffquant_upper_m",
            "desc": "测试使用 -M/--mask-file 参数忽略指定文件中的转录本对齐"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffquant_b",
            "desc": "测试使用 -b/--frag-bias-correct 参数进行偏差校正"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffquant_u",
            "desc": "测试使用 -u/--multi-read-correct 参数进行多读校正"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffquant_p",
            "desc": "测试使用 -p/--num-threads 参数指定线程数"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffquant_m",
            "desc": "测试使用 -m/--frag-len-mean 参数指定平均片段长度"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffquant_s",
            "desc": "测试使用 -s/--frag-len-std-dev 参数指定片段长度标准差"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_cuffquant_v",
            "desc": "测试使用 -v/--verbose 参数启用详细日志记录"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_gtf_to_sam_r",
            "desc": "使用 -r 参数指定参考序列文件"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_gtf_to_sam_upper_f",
            "desc": "使用 -F 参数指定使用 FPKM 代替 isoform fraction"
        },
        {
            "name": "test_cufflinks_function_basic",
            "desc": "测试基础功能是否正常运行"
        }
    ]
}